Attacken mot ett arméläger den 4 januari 2004, då 300 gevär stals, betecknas inte sällan som startskottet för de oroligheter som sedan dess rått mellan muslimer och buddhister i Thailands tre sydligaste provinser Narathiwat, Pattani och Yala. Närmare bestämt var det Thaksins stenhårda respons till detta attentat som anses ligga bakom den muslimska populationens upprepade terroristattentat i regionen allt sedan dess. Human Rights Watch har anklagat Thaksinregeringen att ligga bakom ett antal ouppklarade försvinnanden av muslimer med malajetnisk bakgrund, som påstås vara del av en avsiktlig politik. Sedan oroligheterna började har mer än 2.000 människor fått sätta livet till. Även om de flesta attentaten riktats direkt mot thailändare har utlänningar också drabbats vid explosionerna i den sydliga turiststaden Hat Yai. Militärregeringen har sökt medlingshjälp från den malaysiska regeringen, vilket hittills emellertid varit resultatlöst.
De tre sydligaste provinserna var längre tillbaks ett självständigt muslimskt sultanat kallat Pattani. Detta sultanat erövrades år 1786 av Bangkok och inlemmades under den thailändska byråkratin 1902. 80 procent av den två miljoner stora befolkningen i regionen är muslimer av malaysisk härkomst. Häri ligger förklaringen till den alienation som upplevs i regionen från det buddhistdominerade thailändska kungariket.
