Thailand tog en något överraskande ställning i kampen mot den internationella terrorismen, som fick hela världens uppmärksamhet efter händelserna den 11 september 2001. Som nämndes tidigare önskade Thaksin att Thailand skulle vara neutral i denna kamp. Därför var Thailands svar på 11 september-händelserna trögstartade. Thaksin hamnade dock under kritik från sin egen regering för att han inte följde upp den säkerhetspakt som USA och Thailand hade med varandra. Därefter vidtog landet åtgärder. Det fanns dock en rädsla för att oroligheterna i södra Thailand skulle kunna komma att blossa upp när handlingarna sattes i verket. Vad som gjordes var framför allt att en del misstänkta terrorister greps, något som gjordes i samarbete med en singaporiansk säkerhetsstyrka. Thailand såg dock vare sig Pattaya eller Phuket som potentiella mål för ett attentat. I samband med att USA attackerade Irak under 2003, valde Thailand, med Thaksin i spetsen, att rikta kritik mot handlingen.